يقع مبنى المراكز الطبية الثلاث على مساحة 7900 متر مربع ويتكون من بدروم وأرضي وثمان أدوار علويه، إجمالي عدد الأسِرَّة 750 سريراً، وأسِرَّة العناية المركزة 40 سريراً، وعدد 20 غرفة عمليات بنظام الكبسولة وعدد 3 غرفة مناظير جراحة العظام وعدد 9 غرف عمليات ولاده.

يضم مبنى المراكز الطبية الثلاث أدوار مشتركة من البدروم وحتى الرابع علوي وتشمل الخدمات المشتركة بالبدروم (المغاسل – التعقيم – المطبخ – المخازن – الإدارة الهندسية).

الدور الأرضي ويشمل (العيادات الخارجية للأقسام المعنية بالمراكز).

الدور الأول علوي ويشمل (إدارة المراكز الطبية الثلاث والمكاتب الإدارية – وحدة فسيولوجيا الجهاز العصبي – وحدة الروماتيزم والتأهيل – قاعات التدريس).

الدور الثاني علوي ويشمل (الأشعة التشخيصية – وحدة القسطرة المخية - معامل التحاليل الطبية: الباثولوجيا الاكلينيكية والباثولوجي الجراحي – غرف الولادات- غرف عمليات النساء والتوليد – وحدة الأطفال المبتسرين).

الدور الثالث علوي ويشمل (غرف العمليات والعنايات المركزة).

الدور الرابع علوي ويشمل (مكاتب أعضاء هيئة التدريس وقاعات المؤتمرات ومجالس الأقسام المعنية بالمراكز الطبية.

ثم من الدور الخامس إلى الدور الثامن علوي تنقسم المراكز إلى ثلاثة مباني منفصلة للتخصصات التالية (جراحة العظام – طب وجراحة المخ والأعصاب - أمراض النساء والتوليد).